Onzuiverheden worden uit het water gefiltreerd door middel van absorptie van chemische stoffen met grote moleculen. In de praktijk worden chemische filtratiemedia vaak in de tweede bak van een niet-biologisch filtersysteem gebruikt, waarbij dan in de eerste bak een puur mechanisch medium is geplaatst om zwevende deeltjes in het water neer te slaan. Een veel gebruikte combinatie is filterwol als mechanisch medium en geactiveerde kool als chemisch medium. Actieve kool verwijdert ammoniak, fosfaten, organische afvalproducten of geneesmiddelen uit het water via het adsorptieproces. Dit wil zeggen dat de geadsorbeerde stoffen geen stabiele binding aangaan met het oppervlak van het filtermedium. Als gevolg hiervan moet men tijdens een waterbehandeling met geneesmiddelen, steeds de actieve kool uit de filter halen. Het nadeel van actieve kool is dat de absorptiecapaciteit snel is opgebruikt en dat deze niet hergebruikbaar is. Vanwege de beperkte levensduur is filterwol en geactiveerde kool eigenlijk alleen geschikt voor kleine vijvers, met een capaciteit onder de 500 liter. Voor grotere vijvers is het praktischer om zeoliet te gebruiken, een chemisch filtermedium dat ook ammoniak en nitriet uit het water haalt. Eén van de voordelen van zeoliet is dat u het kunt schoonmaken, en dus hergebruiken. De chemische binding tussen zeoliet en ammoniak is namelijk heel zwak en kan worden verbroken door zout water (6g/l) toe te voegen. Vooraleer men de steentjes terug in de filter zet, worden ze eerst grondig met vijverwater gespoeld om het zout terug te verwijderen. Helaas gaat het gebruik van zeoliet ook gepaard met enkele nadelen. Het reinigen van de vele steentjes is een tijdrovende klus en de hoeveelheid steentjes dat u nodig heeft, gaat gepaard met een hoge kostprijs. Wanneer men zeoliet gebruikt, mag men nooit zout aan het water toevoegen, aangezien ammoniak en andere geabsorbeerde stoffen dan terugstromen in de vijver!!
Veel koi-liefhebbers gebruiken zeoliet in combinatie met een biologische filter; ze leggen de mineralen in de laatste filterbak. Dit werkt vooral goed bij nieuwe vijversystemen en in de lente, want dan zijn er niet veel bacteriën in de biologische filter aanwezig. Wanneer u dan zeoliet gebruikt, zal de concentratie ammoniak/ammoniumverbindingen in de vijver tot een minimum worden gebracht.
Biologische filtratie is gebaseerd op de activiteit van specifieke bacteriën in de filter, waardoor giftige afvalproducten worden afgebroken tot minder schadelijke stoffen. Een biologische filter bij een koi-vijver is zo een kleine zuiveringsinstallatie die gebruik maakt van de biochemische reacties van de natuurlijke stikstofkringloop. De stikstofkringloop geeft weer hoe filterbacteriën het giftige ammoniak (NH3) omzetten tot nitriet (NO2) [Nitrosomonas], en vervolgens tot het minder schadelijke nitraat (NO3) [Nitrobacter]. Beide genoemde soorten bacteriën zijn aëroob, dit wil zeggen dat ze zuurstof nodig hebben om het water schoon te maken. Wanneer stoffen zich ophopen op de bodem van de filter, kan dat het zuurstofgehalte van het water aantasten, waardoor de groei van anaërobe bacteriën gestimuleerd wordt. (Bacteriën die zich ontwikkelen, wanneer het zuurstofpeil terugloopt). In de natuur is de kringloop meestal wel in evenwicht, maar in een koi-vijver zonder planten is het vaak moeilijk om het nitraatgehalte onder controle te houden. Nitraat wordt door de planten opgenomen en anaëroob omgezet tot stikstofverbindingen. Regelmatige waterverversingen zijn hier aangewezen, doordat het toenemende nitraatgehalte de algengroei stimuleert. De meeste nitrificerende bacteriën bevinden zich in de bovenste lagen van de filter, omdat hier het meeste zuurstof voor handen is. Daarom wordt een goede filter extra belucht. Bovendien groeien filterbacteriën beter in een warme donkere plaats, dan in een koude plaats met veel licht.
Filterbacteriën, de nitrificerende bacteriën, hechten zich vast en groeien op filtermedia. Deze filtermedia hebben dus zo een groot mogelijk oppervlak, zodat ze er zoveel mogelijk bacteriën op kunnen groeien. Voorbeelden van vaak gebruikte filtermedia zijn Japanse matten, poreuze steentjes,…
Tegenwoordig gebruikt men regelmatig kleine kunststofkorrels (Beads), die men met behulp van een zuurstofstroom in beweging brengt. Deze kleine korreltjes bevatten een grotere filteroppervlakte dan de Japanse matten. De biologische filters die men vult met deze kunststofkorrels zijn eenvoudig, zeer onderhoudsvriendelijk, zuurstofrijk, compact en energie-efficiënt. Bovendien zorgen ze ook voor een goede mechanische filtratie.
Een vijver zonder filter beschikt eigenlijk op zichzelf al over een geringe biologische filter dankzij de aanwezigheid van de nitrificerende bacteriën, die aanwezig zijn op stenen, bodem en wanden. In tegenstelling tot de meeste andere bacteriën vermenigvuldigen de nitrificerende bacteriën zich traag. Hierdoor duurt het één tot twee maand vooraleer een biologische filter volledig werkt in zoet water. De maximale capaciteit bereikt een filter pas na ongeveer één jaar. Ondertussen zijn veel ziekten tijdens deze periode te wijten aan een slechte waterkwaliteit. (Nieuwe vijversyndroom) Om overbelasting van de filter te voorkomen, mag u bij het opstarten van een vijver nooit te veel vissen in één keer uitzetten. Daarenboven mag u de vissen de eerste weken niet te veel voederen. Gedurende deze eerste kritische maanden moet u de ammoniak, nitriet en nitraatwaarden van het water regelmatig controleren en zonodig aanpassen aan de hand van waterverversing. Om de rijping van de biologische filter te versnellen, kan u deze enten met gelyofiliseerde nitrificerende bacterieculturen. U kunt deze bacterieculturen het beste ’s avonds aan het systeem toevoegen, omdat dan de watertemperatuur het hoogste is. Ook kan u filtermateriaal van een reeds gerijpte filter aanbrengen. Maar met deze methode bestaat er wel een risico dat u infectieuze organismen mee overent. Een goed gerijpte biologische filter vraagt ook weinig onderhoud. Deze moet u zelden of nooit reinigen. Indien dit toch gebeurt, mag u dit nooit te grondig doen en mag u nooit alle aanwezige filtermateriaal in één keer reinigen, aangezien u hierbij de nitrificerende bacteriën wegspoelt. Enkel vijverwater is dus geschikt om de filter te reinigen. Detergenten en het vaak chloorrijke leidingwater doden immer de nitrificerende bacteriën.
Ook is het beter om de filtratie tijdens de winter nooit volledig af te zetten. Door de geringe waterbeweging zal het water hierdoor veel sneller bevriezen. Bovendien zullen alle aërobe nitrificerende bacteriën reeds na een aantal uren afsterven omwille van zuurstoftekort. Na de winter zitten we met een ‘dode’ filter, bestaande uit voornamelijk anaërobe bacteriën. Deze vormen een zeer giftig gas (H2S) en veroorzaken hiermee ademhalingsproblemen bij de vissen. In een hogere concentratie kan er zelfs sterfte optreden. Indien dit probleem opgemerkt wordt, moet zowel de vijver als de filter volledig gereinigd worden! Het zeer giftige H2S-gas kan opgemerkt worden door een typische ‘rotte eierengeur’ dat verspreid wordt.
Het gebruik van geneesmiddelen kan ook een invloed uitoefenen op de werking van de biologische filter. Een aantal geneesmiddelen, zoals methyleenblauw10, vernietigen de nitrificerende bacteriën. Het gebruik van antibiotica is ook heel schadelijk voor de biologische filter. Daarom is het steeds belangrijk dat men bij problemen eerst een juiste diagnose stelt en enkel behandelt indien nodig. Om deze redenen is een preventieve behandeling met chemicaliën zonder voorafgaand microscopisch onderzoek af te raden.